Film dibuka dengan Dr. Robotnik ( Jim Carrey ) yang sangat jahat yang terdampar di Planet Jamur yang terpencil di semesta. Ia, di tengah kesendiriannya, berusaha untuk mencari cara kembali ke Bumi melacak serta memburu (disuarakan oleh Ben Schwartz).

Setelah berhasil membuka portal untuk menembus semesta, Dr. Robotnik bertemu dengan Knuckles (disuarakan oleh Idris Elba), seekor echidna berbulu merah seperti landak yang datang ke Bumi mencari Master Emerald, permata dengan potensi untuk mengendalikan seluruh alam semesta.